Año 1944, posguerra española. Ofelia y su madre embarazada, Carmen, se trasladan a un pequeño pueblo al que ha sido destinado el nuevo marido de Carmen, Vidal, un cruel capitán del ejército franquista por el que la niña no siente ningún afecto. La misión de Vidal es acabar con los últimos miembros de la resistencia republicana que permanecen escondidos en los montes de la zona. En la zona viven Mercedes, el ama de llaves, y el médico que se hace cargo de Carmen. Una noche, Ofelia descubre las ruinas de un laberinto y allí se encuentra con un fauno, una extraña criatura que le hace una sorprendente revelación: ella es en realidad una princesa, la última de su estirpe, y los suyos la esperan desde hace mucho tiempo. Para poder regresar a su mágico reino, la niña deberá enfrentarse a tres pruebas.