En San Cristóbal de Las Casas, Chiapas, los periodistas Concepción Villafuerte y Amado Avendaño se ven inmersos en el levantamiento zapatista de 1994. Su compromiso con la verdad los lleva más allá del periodismo, involucrándolos en la política y la lucha por los derechos indígenas. Fantasmas con armas ofrece una visión íntima de este turbulento periodo en la historia de México.