En Halloween, la granja Mossy Bottom sufre un inconveniente cuando el torpe Granjero destruye el huerto de calabazas del rebaño. Shaun se convierte en un científico e intenta arreglar el desastre, pero todo se sale de control: Granjero desparece y una bestia comienza a deambular por los bosques. Shaun y el rebaño harán todo lo posible para resolver el misterio. Destacando por su técnica artesanal de stop-motion, este filme juega con los tropos clásicos del horror, adaptándolos a la comedia clásica de Aardman.